Das PRORA-ZENTRUM wurde im November 2001 als gemeinnütziger Verein gegründet, im Frühjahr 2002 nahm es seine Bildungsarbeit auf.
Seitdem entwickelt das PRORA-ZENTRUM unterschiedliche Bildungsformate für verschiedene Zielgruppen: von Rundgängen und Projekten für regionale Schulen über den internationalen Austausch von Studierenden bis zur Fortbildung von Multiplikatoren/innen. Neben innovativer historisch-politischer Bildung gehören Forschung und Dokumentation zu historischen Themen zum Arbeitsalltag.
Seit 2009 ist das PRORA-ZENTRUM staatlich anerkannte Einrichtung der Weiterbildung. 2010 wurde es vom Kuratorium der Landeszentrale für politische Bildung Mecklenburg-Vorpommern im Rahmen eines Interessenbekundungsverfahrens als Betreiber der Bildungsstätte bei der Jugendherberge Prora ausgewählt.